Im 18. Jahrhundert wurden erste Schulen eingerichtet. Ausgebildete Lehrer gab es keine, und wer sich berufen fühlte, stellte seine Stube zu Verfügung und nannte sich Schulmeister. Die Schüler zahlten jede Woche das Schulgeld auf die Hand und brachten im Winter ein Scheit Holz für den Ofen mit. In breiten Bänken pferchten sich nun Dutzende Kinder jeden Alters und lernten das Buchstabieren. Übers das weitläufige Gemeindegebiet entstanden so Schulen in Olmishausen, Ringenzeichen, Wilen, Hegi und Mosershaus nahe der neuen Kirche. Jeder besuchte die Schule, die ihm gefiel, und so wanderten die Schüler kreuz und quer durch die Gemeinde. In Steinebrunn unterrichtete der Benefiziat die katholischen Schüler. Nach der Gründung des Kantons Thurgau wurde 1833 erstmals ein Schulgesetz erlassen. Im Egnach wurden 5 Primarschulgemeinden definiert: Wilen, Olmishausen, Hegi, Ringenzeichen und Neukirch. Mit dem Dorf Egnach im Jahre 1880 wurden es sechs. Erste Ideen für eine weiterführende Schule führten zur Gründung der Sekundarschule 1854. Weiters entstand im 19. Jahrhundert eine Fortbildungsschule. Ein wichtiger Markstein war die Gründung der Abschlussklassenschule 1955, die dann in die Realschule überging. Im Jahre 2'000 wurden alle Schulen im Egnach zur Volksschulgemeinde mit einer Verwaltung verbunden.
2016 erfolgte die Einweihung zur neuen Sekundarschule Neukirch.