Das Land vom See bis zum Säntis gehörte dem Bischof von Konstanz und wurde auch Arbongau oder Arboner Forst genannt. Mitten drin baute sich der Mönch Gallus im 7. Jahrhundert eine Zelle, aus der später das Kloster St.Gallen hervorging. Zum Verdruss des Bischofs dehnte sich dieses immer mehr aus und beanspruchte zunehmend seinen Grundbesitz, was schliesslich zur offenen Auseinandersetzung zwischen Bischof und Abt führte, die in gegenseitigen Kleinkriegen ausgetragen wurden. König Ludwig der Deutsche brachte es 854 schliesslich fertig, in Ulm einen Vertrag auszuhandeln, der die Gebietsansprüche festhielt. Darin musste der Abt einen Teil zurückgeben, so etwa den Hof ‚Buch’ im Egnach. Dies ist somit die erste Erwähnung einer Ortschaft aus der Gemeinde. Ein zweiter Vertrag um 1155 regelte die Südgrenze des heutigen Thurgaus gegen das Abteigebiet – dem heutigen Kanton St.Gallen.
Der grosse Wald wurde sukzessive gerodet, und viele verstreute Einzelhöfe entstanden vom 10. bis 12. Jahrhundert. Im bischöflichen Urbar von 1302 sind bereits 33 Siedlungen im Egnach mit Namen genannt. Die Höfe darin aber gehörten verschiedensten Herren, dem Bischof, dem Abt von St.Gallen, dem Heiliggeistspital usw. Je nachdem waren die Bauern hier- oder dorthin zinspflichtig. Ein grosses Kuriosum existiert heute noch: der Hof Raach im Südteil der Gemeinde liegt mitten als st.gallischer Hof im Kanton Thurgau. Die grossen Kelnhöfe aber, wo die Bauern die Abgaben abliefern mussten, waren Erdhausen, Egnach und Wiedehorn. Politisch gesehen gehörte der Thurgau den Grafen von Kyburg, welche mit den Löwen im Wappen dem Thurgau die Wappentiere bescherten. Als die Kyburger 1264 ausstarben übernahmen die Grafen von Habsburg den Thurgau.